Die LMU hatte im Laufe ihrer Geschichte unterschiedliche Universitätsverfassungen. Die Hohe Schule in Ingolstadt orientierte sich an der Pariser Universität. Dies bedeutete eine Aufteilung in vier „facultates“ und die Übernahme einer Rektoratsverfassung. Demnach wurde der Rektor durch eine Versammlung der Gesamtuniversität gewählt, aus der sich im 16. Jahrhundert der Senat entwickelte. Ein Kanzler fungierte als geistliche Aufsichtsinstanz.
Im Jahr 1804 veränderte ein Organisationsedikt, das den Einfluss des bayerischen Staates stärken sollte, den Modus der Rektorwahl. Der Rektor wurde nun auf ministeriellem Weg bestimmt und vom Landesherrn ernannt. Zudem wurden die vier Fakultäten durch zwei Hauptklassen, die der „Allgemeinen“ und der „Besonderen Wissenschaften“, ersetzt, das Kanzleramt vorübergehend 1807 abgeschafft. Doch damit nicht genug: Die Universität verlor beinahe alle ihre Attribute korporativer Autonomie. Die Universitätssiegel wurden gebrochen und durch Staatsstempel ausgetauscht. Anstelle der traditionellen Gelehrtentalare mussten Uniformen getragen werde.
Mit dem Umzug nach München und dem Regierungsantritt von König Ludwig I. erhielt die Universität wieder mehr Freiraum. Die Fakultätsordnung wurde wieder hergestellt und das Rektoren- und Senatorenwahlrecht zurückgegeben. Sogar neue Amtstrachten für die nun fünf Fakultäten - Theologische, Juristische, Medizinische, Philosophische sowie Staatswirtschaftliche Fakultät - und eine goldene Amtskette für den Rektor wurden gestiftet. Von besonderer Bedeutung war die Restaurierung der zerstörten Siegel von Rektorat und Fakultäten.
Revolutionäre Umgestaltungsversuche im Jahr 1919 blieben Episode und scheiterten am Widerstand des Senats. Im Jahr darauf verfügte der bayerische Kultusminister eine neue Universitätsverfassung. Nach dieser blieb die Zuständigkeit der Organe unverändert. Allerdings wurden durch die Beteiligung von gewählten Vertretern der Beamten, Nichtordinarien und Studenten der Senat und das Rektorwahlgremium erweitert.
Kurz nach der „Machtergreifung“ der Nationalsozialisten wurden Kollegialorgane und Selbstverwaltung der LMU zugunsten des „Führerprinzips“ beseitigt. Nicht mehr die freie Wahl, sondern das Ministerium bestimmte den Rektor. Eine Vertretung aller Dozenten und Assistenten, die „Dozentenschaft“, fungierte als Kontrollinstanz. Nach dem Ende des Zweiten Weltkrieges orientierte sich die LMU zunächst an einem Verfassungsentwurf des kommissarischen Rektors Albert Rehm. Dessen Entwurf galt einige Jahre als Übergangslösung. Erst am 2. März 1955 erhielt die LMU eine ministeriell genehmigte neue Verfassung, die „Satzung“. Die LMU bestand nun aus sieben Fakultäten - zu den bisherigen kamen noch die Tiermedizinische sowie die Naturwissenschaftliche Fakultät -, denen jeweils ein Dekan vorstand. Universitätsoberhaupt und Vorsitzender des Senats sowie des Verwaltungsausschusses war der Rektor.
Zu Beginn der 1960er Jahre reformierte die Universität selbstständig ihrer Struktur. 1969 führte die LMU – als eine der ersten deutschen Hochschulen überhaupt – die kollegiale Universitätsverfassung ein. Die Leitung der LMU wurde auf ein fünfköpfiges Kollegium, bestehend aus Rektor, Prorektor, zwei Konrektoren und Kanzler, übertragen. Infolge des neuen Bayerischen Hochschulgesetzes erfolgte 1976 erstmals der Wechsel zur Präsidialverfassung. 14 Jahre später ermöglichte eine Novelle des Bayerischen Hochschulgesetzes die Rückkehr zur Rektoratsverfassung. Damit wurde an der LMU erneut ein Rektor gewählt, der zugleich Präsident war. Mit dem Bayerischen Hochschulgesetz aus dem Jahr 2006 wurde an der LMU zum zweiten Mal eine Präsidialverfassung eingeführt, die bis heute gültig ist.
